密教是古印度后期晚出的一种宗教，也称秘密教。它是以高度组织化的咒术、仪轨、世俗信仰为特征，印度教和佛教都行此道。密教的渊源很早，可以上溯到三千年前的时期。当时居住在印度恒河流域的土著居民达罗毗荼人奉行万物有灵的原始宗教信仰，崇拜动植物神灵和地母神。地母是一种女性神，通常被塑成乳房高耸，腰肢丰满，厚厚嘴唇，身上饰以复杂多样的头饰、耳饰、颈饰，表现了女性的能力，是万物本源的反映。而与地母神相对的男性神，则是力量神，通常裸体，生殖器（林伽）外露，象征力量。这些都是早期人类受到男女交接后才产生的直观朴素想法的具体写照。
公元前2000年，原来生活在高加索一带的雅利安人越过兴都库什山脉进入了恒河流域。他们通过武力和战争征服了当地的土著居民，取得了统治权。雅利安人崇拜要格化的自然神和祖灵，对火神阿耆尼和力量神苏摩尤为热情，认为它们是开路者和力量再生的来源。雅利安人一方面继承了原有的本民族传统的信仰，另一方面又吸收了土著人的万物有灵的信仰和禅定实践。此时男性神已不是女性神的附庸，上升到与女神平起平坐的相等地位，林伽的崇拜依然流行，从而形成了崇拜多神，实行祭祀的吠陀教。
公元前1000年，吠陀教进行了改革，印度社会出了以吠陀天启，祭祀万能和婆罗门至上为三大纲领的婆罗门教。该教把宗都实践的祭祀放到了很高的地位，认为祭祀是婆罗门教的精髓，拥有创造一切和不可思议的力量。火祭和苏摩祭仍然是重要的祭祀，苏摩祭也成为酒神，具有使人幻化的特点。瑜伽或禅定则是与神交接的主要手段。
原始宗教使用的用来驱鬼的咒语也广为流行，婆罗门教的经典《阿达婆吠陀》里面曾经记载了多种咒语，还记录了驱赶病魔、恶神，避免自然灾害、兽害及制敌取胜等各种数术。婆罗门祭司还常用简化的字母表示深奥的哲理，如《梵书》用“ａ”、“u”、“m”三个字母来分别代表天、空、地三界，火、风、日三光，此三者又统归于生主，三字结合即得现祭祀的场所和对象，被称为曼陀罗，并认为它有神秘的形象，寓意深长。在婆罗门教的万神殿中，湿婆神是三大主神之一，被认为是世界的破坏者和重建者，具有再生的能力。
公元前600年左右，沙门思潮兴起，各种宗教、学派相继出现。新出的宗教里有些摄取了民间的流行信仰，作为本宗的实践活动依据。如耆那教实行裸露身体，认为男女和合能生出一切生命，汉译佛典称其为“裸形外道”。释迦牟尼创教时，对咒术密法采取了排斥的态度，称之为“畜牲学”，甚至规定弟子实行咒术就算违戒，但是他的这种态度并没有为后来的后继者所遵守。在部派佛教及大乘佛教初期、中期都可以看到咒术密仪的运用。
六、七世纪，印度处于分裂的局面，出现了很多的小国，印度教开始复兴，在很多地方都占有重要的地位，佛教和印度相互影响。出于种种原因，佛教内部也作出了相应的改革，将那些原本具有深奥、抽象的、纯然的思辨之哲理性的东西，转为奉行简捷的宗教实践，宣扬男女双修，口颂真言咒语（语密）、手结契印（手式，身密）、心作观想（意密），三密同时相应，就可“即身成佛”。
综上所述，佛教密教是印度各种宗教的混合体，它是佛教改革的产物，也是佛教和其它宗教融合的结果，所以它的出现是在印度传统宗教的基础上而形成的。
现在学术界还没有对密教的起源及形成作出定论。一般来说，概括起来大致有五种说法。
第一种吠陀说 即上面所说的密教由吠陀教到婆罗门教再到印度教的发展。由于此说与雅利安人的关系至深，故也称为雅利安化起源说。
第二种土著说 即以土著文化为密教的源头，达罗毗荼人所创造的文化是密教形成的主要原因，雅利安人进入印度后，具有密教色彩的宗教仍然流行于民间，以后又慢慢地全社会所接受。
第三种道教说 认为密教里很多东西与中国传统宗教的道教里的内容相近，很可能就是受到道教的影响之后的密传建立的。论者甚至认为，道教传到印度的道路是经南方丝绸之路而传去的，时间约在魏晋南北朝时期。
第四种混合说 认为密教的形成，除了受到古印率的各宗教的影响之外，还受到了来自上亚地区的祆教、摩尼教，以及萨满教和中国的道教等各种宗教的多方面的影响。
第五种大乘说 认为密教是佛教僧人龙树或因陀罗王创立的。这是密教自己的方法。学者认为密教是起源于大乘教中的陀罗尼，由陀罗尼的法门进而发展形成的。所以它是大乘佛教的进一步神秘化、通俗化、世俗化的结果，是大乘佛教向信仰主义、祭祀主义和神秘主义发展的结果，是从大乘佛教的胚胎中孕育、生长并最终脱胎而出来的一个教派。