7世纪，在印度教和印度民间信仰的综合影响下，印度佛教密教一派开始鼎盛。直至13世纪佛教在印度灭亡的几个世纪里，密教一直是印度佛教最大的派别，广泛深入印度社会各个阶层，其思想理论，修持方法也远播中中、蒙古、朝鲜、日本等地。
在佛教理论上，密教主张三密相契，即身成佛。三即身密、语密、意密，身密指手结印契，语密指品诵真言咒语，意密指心中观想本尊。密教认为三必相应便能当下成佛。
密教把分为法身佛、应身佛、化身佛三身，法身佛大日如来，梵语名毗卢遮那，又译为普照金刚，是密教信仰崇拜的主要对象。密教认为过去、现在、未来三世诸佛菩萨都是法身佛大日如来的化身，世界的一切事扔皆是大日如来的变现。在密教看来，他们所信奉的教义是由大日如来以离于言象的秘密方式传授的最深佛法，以前的佛教各派教法则称化身佛，应身佛是佛讲的方便之说，直宣之教，因而他们把自己信奉的教义称为密教，把其他的各派佛教称为显教。显教重视般若智慧，力图通过对教理的学习达到对佛法的理解，成，因此，习惯上把对经典的研究、教理的学习称为显学；而重视修持，主张三密加持相契的即身佛之密教的宗教实践习惯上称之为密修。
密教的教学方法带浓厚的神秘直观色彩。胎藏界和金刚界是密教的两个重要概念，密教认为此二者超言绝象，无法用语言进行表达，因而他们常用曼陀图画进行表示，通过对曼陀的直观体验，达到得意忘形，与佛合一的境界。因而密教典籍中曼陀罗图画的内容占有相当的比例。
密教的修持方法是高度组织化、佛教化了的咒术、礼仪和习俗，其绝大部分采自印度教和印度民间习俗。源于印度教的诵咒、祈神、结坛、护摩（火祭）、降魔等祭仪，息灾、增益、调伏等都是常用的修持方法，传统的印度瑜伽更受到重视。印度佛教密教还接受了印度教性力派性崇拜的思想，把性力看成是宇宙的根本，认为男女和合才能获得宗教的解脱与无上的福乐，从而把“双身”看作是重要的修行方法。由于系老师单独传授，故流传不广，藏传佛教密宗各派对修持持不同主张，宁玛派有“大圆满法”，噶举派有“拙火定”、“那饶六法”和“空乐双运为道”的“大手印”等说法。
在西藏佛教史上，格鲁派创立以前的各个派别对显学与宇航局修都保有侧重，有时甚至相对立争斗，势如水火。宗咯巴创立格鲁派时，调整显宇航局二宗关系，主张先显后密，显密双修，认为显学到达一定程度后，才能进行密修。因此，在后期密教中，显学被看成是密修的基础，具有同等重要的地位。