纷呈的道派
南北分裂的局面使道教涌现出许多新的教派，但随着元朝的统一，各大派别又逐渐融合起来，形成了天下道教两大教派的局面。
南宋众多的符箓派别
南宋统治者对待道教的 态度，基本上与北宋统治者一致，但鉴于徽宗崇道亡国的教训，南宋朝廷再未出现过像宋真宗、徽宗利用道教神话皇权及崇道抑佛的极端行为。其中，重视和利用道 教比较突出的是宋理宗，他命正一道三十五代天师张大可提取三山符箓，使正一道成为江南诸道派的首领。另外，除旧有的龙虎天师、茅山上清、阁皂灵宝等三山符 箓派之外，其时自称独得异传而另立宗派者甚多，主要有神宵派、清微派、天心正法派、东华派、净明派和金丹派南宗。
金代三大道派
金朝是原居住在白山黑水之间的女真族建立的，灭了辽和北宋后，由于社会政治制度和经济制度的差异，不可能不与广大汉族人民发生尖锐的矛盾。一些汉族士人拒 绝在政治上与金朝统治者合作，而又不愿意参加各地人民群众反抗金朝统治者的斗争，便走向隐遁之路。于是，在山东、河北一带，汉族士人先后创立了新的道派， 主要有萧抱珍创立的太一道，刘德仁创立的真大道，王重阳创立的全真道等。这些新道派一经建立，便得到了迅速发展。出于政治和生活的双重需要，金朝对这些中 原的道教派别很快就承认和接受了。
元代道派的融合
蒙古人用强大的铁骑入主中原后，建立了南北统一的大元帝国。为了取得汉族士人的支持，巩固自己的统治，元朝统治者不仅利用儒学，对道教也表示了尊崇。以南 宋的灭亡为界，元代统治者对道教的态度，可以分为两个时期；在灭南宋前，主要是争取和利用北方的全真道、真大道教和太一教等；在灭南宋前，主要是争取南宋 统治区内影响最大的天师道。在此种政策下，道教获得了很大发展，天师道在北方迅速传播，全真道也在江南蓬勃发展；其他各派道教分别融入天师道和全真道，从而形成分主天下的两大道派，这种格局自此一直被保持下来。